27mar2026
10:00 Defesa de Mestrado Sala 85 do IC
Tema
Um Framework Orientado por Topologia para Comparação de Redes: Caracterizando os Papéis dos microRNAs nas Redes dos Subtipos Moleculares do Câncer de Mama
Aluno
Mylena Roberta dos Santos
Orientador / Docente
André Santanchè - Coorientador: Murilo Vieira Geraldo
Breve resumo
Embora as representações em rede sejam amplamente utilizadas em biologia molecular há muito tempo, sua integração com conceitos e ferramentas da ciência de redes é um desenvolvimento relativamente recente. A medicina de redes, um campo emergente que se concentra no estudo de doenças humanas, surgiu dessa integração. Graças a iniciativas como o The Cancer Genome Atlas (TCGA), o câncer é uma das doenças complexas que mais se beneficiaram das abordagens da medicina de redes. Dentre essas abordagens, a análise pan-câncer, uma investigação comparativa entre diferentes tipos de câncer que visa caracterizar abrangentemente suas semelhanças e diferenças moleculares, merece destaque.
No contexto da biologia do câncer, os microRNAs (miRs) desempenham um papel crucial e são bem estabelecidos como biomarcadores e alvos terapêuticos fundamentais da doença. Esses pequenos RNAs não codificantes (ncRNAs) regulam a expressão gênica por meio de interações com RNAs mensageiros (mRNAs). As relações regulatórias entre miRs e mRNAs são inerentemente complexas; como resultado, as abordagens baseadas em redes emergiram como estratégias proeminentes para elucidar os papéis dos miRs no câncer. No entanto, a integração de miRs e outros ncRNAs em abordagens da medicina de redes continua em seus estágios iniciais.
Apesar do uso generalizado de topologias e métricas topológicas na análise de redes complexas, as estratégias para modelar e comparar redes com base nessas métricas são frequentemente conduzidas de maneira ad hoc entre diferentes estudos. No estudo de miRs no câncer, dois desafios associados a essa questão se destacam: a modelagem do cenário regulatório centrado em miRs como uma rede complexa e a comparação orientada por topologia dessas redes entre diferentes tipos de câncer.
Esta dissertação aborda ambos os desafios, partindo da proposta de um Transparent Reproducible Pipeline (TRP), um componente central do nosso framework para sistematizar a análise comparativa de redes de miRs no câncer. Para o desafio de modelagem, expandimos nosso foco para a arquitetura de rede bipartida, a qual é tipicamente pouco explorada na ciência de redes. Para o desafio de comparação, sistematizamos uma comparação de redes orientada por topologia, utilizando uma abordagem de nós correspondentes para caracterizar os papéis dos nós nas redes.
Para aplicar e validar esse framework, investigamos redes regulatórias de miRs associadas ao câncer de mama (CM). Selecionamos o CM devido à sua relevância social e à sua estratificação bem estabelecida em subtipos moleculares. Argumentamos que a heterogeneidade biológica dos subtipos moleculares do CM permite que este estudo se aproxime de uma análise pan-câncer em nível de redes regulatórias, limitando a variabilidade associada à especificidade tecidual. Os dados que fundamentam nossa pesquisa derivam do projeto TCGA Breast Invasive Carcinoma.
Banca examinadora
Titulares:
| André Santanchè | IC/UNICAMP |
| Mariana Camargo Maschietto | Centro de Pesquisa Boldrini |
| João Meidanis | IC/UNICAMP |
Suplentes:
| Marcelo da Silva Reis | IC/UNICAMP |
| Benilton de Sá Carvalho | IMECC/UNICAMP |