Defesa de Mestrado de Leandro Negri Zanotto

Título do Trabalho
High Performance Collision Cross Section (HPCCS) HPC Techniques to Accelerate the Collision Cross Section Calculation
Candidato(a)
Leandro Negri Zanotto
Nível
Mestrado
Data
Add to Calender 2019-12-13 00:00:00 2019-12-13 00:00:00 Defesa de Mestrado de Leandro Negri Zanotto High Performance Collision Cross Section (HPCCS) HPC Techniques to Accelerate the Collision Cross Section Calculation Auditório 1 do IC 3 INSTITUTO DE COMPUTAÇÃO mauroesc@ic.unicamp.br America/Sao_Paulo public
Horário
14:00
Local
Auditório 1 do IC 3
Orientador(a)
Guido Costa Souza de Araújo
Banca Examinadora

* Titulares

Unidade/Instituição

Guido Costa Souza de Araújo

IC/UNICAMP

Fabio Cesar Gozzo

IQ/UNICAMP

Marcio Machado Pereira

IC/UNICAMP

 

* Suplentes

Unidade/Instituição

Sandro Rigo

IC/UNICAMP

Leandro Martínez

IQ/UNICAMP

Resumo

A técnica de Mobilidade Iônica junto com a Espectrometria de Massa (IM-MS) tem sido utilizada desde 2003 por laboratórios de pesquisa e análises, quando foram introduzidos os primeiros equipamentos comerciais. Ela é usada como uma ferramenta de separação molecular, técnica cromatográfica e também para obter informação estrutural de íons moleculares. A interpretação dos dados obtidos ainda é um desafio, dependendo dos cálculos da seção de choque transversal (CCS) contra um gás de arraste. Este trabalho, apresenta um novo software, \textit{High Performance Collision Cross Section} - HPCCS, que, baseado no método de trajetória, realiza os cálculos de CCS utilizando técnicas de \textit{High Performance Computing} como paralelização, vetorização e otimização. Agora é possível calcular o CCS de maneira eficiente, desde para pequenas moléculas orgânicas até proteínas complexas com um número maior de átomos. Os resultados mostraram que, comparados com o software usado atualmente (MOBCAL), houve um ganho em média de 78 vezes em um nó de um cluster com 24 cores e 48 threads, utilizando Simultaneous Multithreading (SMT).