MO640 - Exercícios - Para 2005-04-18

1. Calcule σπ^-1, onde π é o genoma do lado esquerdo e σ é o genoma do lado direito nos slides da apresentação Meidanis 2004 que se referem à operação de intercâmbio de blocos ( block interchange).
2. Meu laboratório acabou de seqüenciar um novo genoma, e uma das proteínas preditas neste genoma encontra-se abaixo:

   MCTSNLENLNVYSIELTGVNASHSFLGDLLLAAKYERKHIKNNLRKDILGICTDIKYRFA
   DLGDIIRGKDMYQNRDEKLQEHLITIFKNIKDKLPGDKRKYNDNINHLKFREDWWFENST
   KFWEAMHCASKAGGIECGGDPTPEDYIPQRLRWLSEWADNYCKMVKTDYKSMSDECKTCK
   KNGANFAKGSPDCTKYIMVILENGNLIGWKKQFETQKKKCEKKELYDNCNSGARSSNDPI
   QDELDNFIVKRKENQYINAPEEFIDAMRGYAYCKEENHSKYLDTEHSDDSYVFKEIPNHY
   KECKCKQYKACDIVKEKLKYSYGQTGIDGCNKKGPFVWNCD
     

   Verifique por meio de BLAST se esta proteína se parece com alguma já descoberta antes. Procure tanto no banco nr como no banco refseq. Observe que nr é maior que refseq. Considerando o melhor alinhamento com nr contra o melhor com refseq, qual dos dois alinhamentos tem score maior? E qual tem e-value maior? Que conclusão tira-se dos resultados?

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