Ata da solução dos exercícios sobre a aula de 2007-03-14
1. Crie uma planilha eletrônica que construa a matriz necessária para
calcular a similaridade global entre suas seqüências S e T.
Resposta: A planilha eletrônica pode ser vista neste link. A aba correspondente a solução deste exercício no link anterior chama-se "Global Matrix".
2. Calcule a similaridade global entre as seqüências:
AGTCGTGAC e CGTAGTCCGTGAT. Use pontuação match=1,
mismatch=0, gap=-1. Faça primeiro na mão e
depois confira com a sua planilha.
Resposta:
| j |
0 |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
10 |
11 |
12 |
13 |
| i |
- |
C |
G |
T |
A |
G |
T |
C |
C |
G |
T |
G |
A |
T |
| 0 |
- |
0 |
-1 |
-2 |
-3 |
-4 |
-5 |
-6 |
-7 |
-8 |
-9 |
-10 |
-11 |
-12 |
-13 |
| 1 |
A |
-1 |
0 |
-1 |
-2 |
-2 |
-3 |
-4 |
-5 |
-6 |
-7 |
-8 |
-9 |
-10 |
-11 |
| 2 |
G |
-2 |
-1 |
1 |
0 |
-1 |
-1 |
-2 |
-3 |
-4 |
-5 |
-6 |
-7 |
-8 |
-9 |
| 3 |
T |
-3 |
-2 |
0 |
2 |
1 |
0 |
0 |
-1 |
-2 |
-3 |
-4 |
-5 |
-6 |
-7 |
| 4 |
C |
-4 |
-2 |
-1 |
1 |
2 |
1 |
0 |
1 |
0 |
-1 |
-2 |
-3 |
-4 |
-5 |
| 5 |
G |
-5 |
-3 |
-1 |
0 |
1 |
3 |
2 |
1 |
1 |
1 |
0 |
-1 |
-2 |
-3 |
| 6 |
T |
-6 |
-4 |
-2 |
0 |
0 |
2 |
4 |
3 |
2 |
1 |
2 |
1 |
0 |
-1 |
| 7 |
G |
-7 |
-5 |
-3 |
-1 |
0 |
1 |
3 |
4 |
3 |
3 |
2 |
3 |
2 |
1 |
| 8 |
A |
-8 |
-6 |
-4 |
-2 |
0 |
0 |
2 |
3 |
4 |
3 |
3 |
2 |
4 |
3 |
| 9 |
C |
-9 |
-7 |
-5 |
-3 |
-1 |
0 |
1 |
3 |
4 |
4 |
3 |
3 |
3 |
4 |
3. Crie uma planilha eletrônica que construa a matriz necessária para
calcular a similaridade local entre suas seqüências S e T.
Resposta: A planilha eletrônica pode ser vista neste link. A aba correspondente a solução deste exercício no link anterior é a primeira.
4. Calcule a similaridade local entre as seqüências:
AGTCGTGAC e CGTAGTCCGTGAT. Use pontuação match=1,
mismatch=-1, gap=-2. Faça primeiro na mão e
depois confira com a sua planilha.
Resposta:
| j |
0 |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
9 |
10 |
11 |
12 |
13 |
| i |
- |
C |
G |
T |
A |
G |
T |
C |
C |
G |
T |
G |
A |
T |
| 0 |
- |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
| 1 |
A |
0 |
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
| 2 |
G |
0 |
0 |
1 |
0 |
0 |
2 |
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
1 |
0 |
0 |
| 3 |
T |
0 |
0 |
0 |
2 |
0 |
0 |
3 |
1 |
0 |
0 |
2 |
0 |
0 |
1 |
| 4 |
C |
0 |
1 |
0 |
0 |
1 |
0 |
1 |
4 |
2 |
0 |
0 |
1 |
0 |
0 |
| 5 |
G |
0 |
0 |
2 |
0 |
0 |
2 |
0 |
2 |
3 |
3 |
1 |
1 |
0 |
0 |
| 6 |
T |
0 |
0 |
0 |
3 |
1 |
0 |
3 |
1 |
1 |
2 |
4 |
2 |
0 |
1 |
| 7 |
G |
0 |
0 |
1 |
1 |
2 |
2 |
1 |
2 |
0 |
2 |
2 |
5 |
3 |
1 |
| 8 |
A |
0 |
0 |
0 |
0 |
2 |
1 |
1 |
0 |
1 |
0 |
1 |
3 |
6 |
4 |
| 9 |
C |
0 |
1 |
0 |
0 |
0 |
1 |
0 |
2 |
1 |
0 |
0 |
1 |
4 |
5 |
5. Faça uma planilha que calcule a similaridade de sufixos através de uma matriz U tal que U(i,j) = similaridade(S[i+1..m],T[j+1..n]). Depois faça uma matriz que seja a soma de V com U. Qual é a característica interessante desta matriz soma?
Resposta:
A característica interessante da matriz soma é que todas as células na matriz ao longo do(s) caminho(s) que define o melhor alinhamento entre as seqüências
possuem o valor máximo deste alinhamento. As abas que possuem a solução deste exercício no link anterior chamam-se "Suffix Similarity" (matriz de similaridade de sufixos) e "V+Vr" (matriz soma).
A planilha eletrônica pode ser vista neste link.