Para conseguir cobertura 5X num genoma bacteriano de 3 Mbp, quantas placas de 384 poços tem que ser seqüenciadas? Considere que cada leitura fornece 800 bases em média.
Respostas:
Temos que
=
48.82
Autor: Douglas Gameiro Diniz
Para conseguir cobertura 5X num genoma bacteriano de 3 Mbp, quantas placas de 384 poços tem que ser seqüenciadas? Considere que cada leitura fornece 800 bases em média.
Respostas:
Temos que
=
48.82
Portanto deve-se sequenciar 49 placas.
Que cobertura consegue-se para um genoma de 4 Mbp com uma corrida de piroseqüenciamento? Considere que uma corrida média resulte em 300 mil leituras de cerca de 100 bases cada.
Respostas:
Temos que:
=
7,5x
Portanto consegue-se uma cobertura de 7,5x
Considere um DNA de dupla fita do qual foram amostrados 7 fragmentos, numerados de 1 a 7, que exibem similaridade prefixo-sufixo (ends free) conforme a lista abaixo. Na lista, "i" significa início e "f" significa final. Assim, por exemplo, "1f4i"deve ser interpretado como "o final de 1 é similar ao início de 4".
1f4i 2f3f 5i7i 6i3i 2i1f 4i3i 5f6i 4i7i 7f1f
Monte estes fragmentos respeitando as similaridades. Tente formar um único contig. Existem ambigüidades na montagem?
Respostas:
Mesma questão anterior, mas com os seguintes dados (11 fragmentos):
6f9i 6f2i 2f3f 9f3f 2f1f 1i7f 1f11i 1i5f 7i4i 4f11f 4f3f 3f11i 10i3i 3i8i 10f8i
Existem ambigüidades na montagem?
Resposta:
A solução acima foi dada pelo aluno Ulisses.
Repita o problema anterior, porém com a informação adicional de que 6 e 1 são pontas de um mesmo clone, assim como 3 e 4.
Resposta:
Já está considerado na solução anterior.
© 2007 João Meidanis