MO640 - Exercícios - Sobre a aula de 2008-08-21

1. Crie uma planilha eletrônica que construa a matriz necessária para calcular a similaridade local entre duas seqüências S e T.
2. Calcule a similaridade local entre as seqüências: AGTCGTGAC e CGTAGTCCGTGAT. Use pontuação match=1, mismatch=0, gap=-2. Faça primeiro na mão e depois confira com a sua planilha.
3. Crie uma planilha eletrônica que construa a matriz necessária para calcular a similaridade semi-global entre duas seqüências S e T.
4. Calcule a similaridade semi-global, sem cobrar por espaços nas extremidades, entre as seqüências: AGTCGTGAC e CGTAGTCCGTGAT. Use pontuação match=1, mismatch=0, gap=-2. Faça primeiro na mão e depois confira com a sua planilha.
5. Notamos que as similaridades entre as seqüências AGTCGTGAC e CGTAGTCCGTGAT obedecem: global ≤ pontas livres ≤ local. Isto vai se verificar para todo par de seqüências? Por que?

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