# Last edited on 2018-06-28 05:22:07 by stolfilocal

RENAMING THE IMAGES

  The images were numbered 1 to 60, separated in directories {H_1} to {H_5} by height.
  First move:
    
    for L in {00..11} ; do mkdir -p L_${L}/V_00/raw ; done
    
    mv H5 H_5 
    
    mv -vi H_1/Image1.jpg L_00/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image2.jpg L_01/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image3.jpg L_02/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image4.jpg L_03/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image5.jpg L_04/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image6.jpg L_05/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image7.jpg L_06/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image8.jpg L_07/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image9.jpg L_08/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image10.jpg L_09/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image11.jpg L_10/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi H_1/Image12.jpg L_11/V_00/raw/frame_00000.jpg
    
    mv -vi H_2/Image13.jpg L_00/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image14.jpg L_01/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image15.jpg L_02/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image16.jpg L_03/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image17.jpg L_04/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image18.jpg L_05/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image19.jpg L_06/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image20.jpg L_07/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image21.jpg L_08/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image22.jpg L_09/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image23.jpg L_10/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi H_2/Image24.jpg L_11/V_00/raw/frame_00001.jpg
    
    mv -vi H_3/Image25.jpg L_00/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image26.jpg L_01/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image27.jpg L_02/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image28.jpg L_03/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image29.jpg L_04/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image30.jpg L_05/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image31.jpg L_06/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image32.jpg L_07/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image33.jpg L_08/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image34.jpg L_09/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image35.jpg L_10/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi H_3/Image36.jpg L_11/V_00/raw/frame_00002.jpg
    
    mv -vi H_4/Image37.jpg L_00/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image38.jpg L_01/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image39.jpg L_02/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image40.jpg L_03/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image41.jpg L_04/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image42.jpg L_05/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image43.jpg L_06/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image44.jpg L_07/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image45.jpg L_08/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image46.jpg L_09/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image47.jpg L_10/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi H_4/Image48.jpg L_11/V_00/raw/frame_00003.jpg
    
    mv -vi H_5/Image49.jpg L_00/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image50.jpg L_01/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image51.jpg L_02/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image52.jpg L_03/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image53.jpg L_04/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image54.jpg L_05/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image55.jpg L_06/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image56.jpg L_07/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image57.jpg L_08/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image58.jpg L_09/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image59.jpg L_10/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi H_5/Image60.jpg L_11/V_00/raw/frame_00004.jpg
  
UNSCRAMBLING THE IMAGES

  The raw images in this scanset were created by moving the microscope
  and changing the lights by hand, and thus were all scrambled.  

  Before un-scrambling, it was necessary to normalize the contrast:

    for L in {00..11} ; do 
      for H in {0..8} ; do 
        oname="L_${L}/V_00/raw/frame_0000${H}"
        nname="L_${L}/fr_${H}"
        if [[ -s ${oname}.jpg ]] ; then 
          jpegtopnm ${oname}.jpg \
            | pamcut -left 460 -width 2100 -height 1640 \
            | pamscale -width 315 \
            | ppmtopgm \
            | pnmhisteq \
            | pnmtopng \
            > ${nname}_r.png
        fi
      done
    done

    #   | pamcut -left 1600 -top 290 -width 840 -height 840 \
    #   | pamscale -width 280 \
    #   | pnmnorm -bpercent=5 -wpercent=5 -keephues \

  After visual inspection, the second rearrangement was:

    for L in {00..11} ; do 
      mv -vi L_${L}/V_00/{raw,oraw} 
      mkdir -p L_${L}/V_00/raw 
    done

    mv -vi L_00/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_00/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_10/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_00/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_08/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_00/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_08/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_00/V_00/raw/frame_00003.jpg 
    mv -vi L_08/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_00/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_01/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_01/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_11/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_01/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_09/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_01/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_09/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_01/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_09/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_01/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_02/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_02/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_00/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_02/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_10/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_02/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_10/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_02/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_10/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_02/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_03/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_03/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_01/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_03/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_11/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_03/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_11/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_03/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_11/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_03/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_04/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_04/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_02/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_04/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_00/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_04/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_00/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_04/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_00/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_04/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_05/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_05/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_03/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_05/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_01/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_05/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_01/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_05/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_01/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_05/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mkdir -pv L_05/V_00/junk
    mv -vi L_06/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_05/V_00/junk/frame_00005.jpg # discard
    
    mv -vi L_07/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_06/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_04/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_06/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_02/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_06/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_02/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_06/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_02/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_06/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_08/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_07/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_05/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_07/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_03/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_07/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_03/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_07/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_03/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_07/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_09/V_00/oraw/frame_00000.jpg L_08/V_00/raw/frame_00000.jpg
    mv -vi L_06/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_08/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_04/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_08/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_04/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_08/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_04/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_08/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_05/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_09/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_05/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_09/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_05/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_09/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_06/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_10/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_06/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_10/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_06/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_10/V_00/raw/frame_00004.jpg
    
    mv -vi L_07/V_00/oraw/frame_00001.jpg L_11/V_00/raw/frame_00001.jpg
    mv -vi L_07/V_00/oraw/frame_00002.jpg L_11/V_00/raw/frame_00002.jpg
    mv -vi L_07/V_00/oraw/frame_00003.jpg L_11/V_00/raw/frame_00003.jpg
    mv -vi L_07/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_11/V_00/raw/frame_00004.jpg
    mv -vi L_08/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_11/V_00/raw/frame_00005.jpg
    mv -vi L_10/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_11/V_00/raw/frame_00006.jpg

    mkdir -pv L_11/V_00/junk
    mv -vi L_09/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_11/V_00/junk/frame_00007.jpg # = 5 discard
    mv -vi L_11/V_00/oraw/frame_00004.jpg L_11/V_00/junk/frame_00008.jpg # = 6 discard

  The composite renaming was:
  
    # mv -vi H_1/Image1.jpg  L_00/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # mv -vi H_1/Image2.jpg  L_01/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # mv -vi H_1/Image3.jpg  L_02/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # mv -vi H_1/Image4.jpg  L_03/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # mv -vi H_1/Image5.jpg  L_04/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # mv -vi H_1/Image6.jpg  L_05/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # 
    # rm -v  H_1/Image7.jpg  # should be L_05/V_00/raw/frame_00005.jpg, bad lighting
    # 
    # mv -vi H_1/Image8.jpg  L_06/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # mv -vi H_1/Image9.jpg  L_07/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # mv -vi H_1/Image10.jpg L_08/V_00/raw/frame_00000.jpg
    # 
    # # no frame_00000 for L_09 
    # # no frame_00000 for L_10 
    # # no frame_00000 for L_11 
    # 
    # mv -vi H_1/Image11.jpg L_00/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # mv -vi H_1/Image12.jpg L_01/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # mv -vi H_2/Image13.jpg L_02/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # mv -vi H_2/Image14.jpg L_03/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # mv -vi H_2/Image15.jpg L_04/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # mv -vi H_2/Image16.jpg L_05/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # mv -vi H_2/Image17.jpg L_06/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # mv -vi H_2/Image18.jpg L_07/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # mv -vi H_2/Image19.jpg L_08/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # 
    # # no frame_00001 for L_09
    # # no frame_00001 for L_10
    # 
    # mv -vi H_2/Image20.jpg L_11/V_00/raw/frame_00001.jpg
    # 
    # mv -vi H_2/Image21.jpg L_00/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_2/Image22.jpg L_01/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_2/Image23.jpg L_02/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_2/Image24.jpg L_03/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_3/Image25.jpg L_04/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_3/Image26.jpg L_05/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_3/Image27.jpg L_06/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_3/Image28.jpg L_07/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_3/Image29.jpg L_08/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_3/Image30.jpg L_09/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_3/Image31.jpg L_10/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # mv -vi H_3/Image32.jpg L_11/V_00/raw/frame_00002.jpg
    # 
    # mv -vi H_3/Image33.jpg L_00/V_00/raw/frame_00003.jpg 
    # mv -vi H_3/Image34.jpg L_01/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_3/Image35.jpg L_02/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_3/Image36.jpg L_03/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_4/Image37.jpg L_04/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_4/Image38.jpg L_05/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_4/Image39.jpg L_06/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_4/Image40.jpg L_07/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_4/Image41.jpg L_08/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_4/Image42.jpg L_09/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_4/Image43.jpg L_10/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # mv -vi H_4/Image44.jpg L_11/V_00/raw/frame_00003.jpg
    # 
    # mv -vi H_4/Image45.jpg L_00/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_4/Image46.jpg L_01/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_4/Image47.jpg L_02/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_4/Image48.jpg L_03/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_5/Image49.jpg L_04/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_5/Image50.jpg L_05/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_5/Image51.jpg L_06/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_5/Image52.jpg L_07/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_5/Image53.jpg L_08/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_5/Image54.jpg L_09/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_5/Image55.jpg L_10/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # mv -vi H_5/Image56.jpg L_11/V_00/raw/frame_00004.jpg
    # 
    # mv -vi H_5/Image57.jpg L_11/V_00/raw/frame_00005.jpg
    # 
    # rm -v  H_5/Image58.jpg # should be L_11/V_00/raw/frame_00007.jpg, same as frame 5
    # 
    # mv -vi H_5/Image59.jpg L_11/V_00/raw/frame_00006.jpg
    # 
    # rm -v  H_5/Image60.jpg # should be L_11/V_00/raw/frame_00008.jpg, same as frame 6