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*  Universidade Federal Fluminense                                       *
*  Mestrado em Computacao                                                *
*  Desenvolvido por: Renatha Oliva Capua                                 *
*  Orientadores: Helena Cristina da Gama Leitao                          *
*                Jorge Stolfi                                            *
*                                                                        *
*  tratar_bd.h                                                        *
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*  Ultima Modificacao: 26/04/2005 - Renatha Oliva Capua                  *
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#include "biblioteca.h"  /* arquivo que contem algumas funcoes de string e arquivo */

#include <time.h>
#include <sys/times.h>


#define MAX_BASES 600000
#define TAM_CODON 3           



typedef struct TNO{
     char   elemento;
     struct TNO *prox;
}tno;


/* variaveis usadas para obter tempo */
struct tms tempoi, tempof;

void gravar_arq(tno **prim, char *nome_arq, FILE **pt, int *cnt);

void desalocar_lista(tno **prim);

void liberar_memoria(tno **prim, tno **ult, FILE **pt, char *nome_arq, int *tam_lista, int *col);

void guardar_elemento(char elemento, tno **prim, tno **ult);

void extrair_cabecalho(FILE **pt_seq, int *splice_invalido, int *cds_start, int *cds_end, int *cds_len, char *gene_id);

void extrair_dados(FILE **pt_entra, char *nome_base, char *nome_rotulo);