MO640 - Biologia Computacional (MC668 - Bioinformática)

Turma B - Segundo Semestre de 2012

Conteúdo desta página

Avisos Importantes

Docente

Auxiliar Didático

Monitor

Dias, Horários e Local das Aulas

Terças e quintas, das 14:00h às 16h:00h, na sala 322 do IC-3.

Dia, Horário e Local de Atendimento

Importante: não haverá atendimento em dia de prova.

Pré-Requisitos

Ementa

Referências Bibliográficas
An Introduction to Bioinformatics Algorithms.
Neil C. Jones & Pavel A. Pevzner.
The MIT Press (2004).
Introduction to Computational Molecular Biology.
João Carlos Setubal & João Meidanis.
PWS Publishing (1997).
Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach.
Pavel A. Pevzner.
The MIT Press (2000).
Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology.
Dan Gusfield.
Cambridge University Press (1997).
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes.
Michael S. Waterman.
Chapman & Hall/CRC (1995).
Knowledge Discovery in Bioinformatics: Techniques, Methods, and Applications.
Xiaohua Hu & Yi Pan.
Wiley-Interscience (2007).
Introduction to Algorithms (Second Edition).
Thomas Cormen, Charles Leiserson, Ronald Rivest & Clifford Stein.
McGraw-Hill (2003).
Introduction to Algorithms (First Edition).
Thomas Cormen, Charles Leiserson & Ronald Rivest.
MIT Press (1990).
Algoritmos - Teoria e Prática.
Thomas Cormen, Charles Leiserson, Ronald Rivest & Clifford Stein.
Editora Campus (2002).
Introduction to Algorithms: A Creative Approach.
Udi Manber.
Addison Wesley (1989).

Material Didático

Listas de Exercícios

Listas de exercícios serão sugeridas ao longo do semestre. Além de servir para maior fixação do material apresentado em classe, o conteúdo dos exercícios é considerado parte integrante do material visto e será assumido como parte da matéria coberta. Como as listas não farão parte da avaliação, suas soluções não serão coletadas. Os alunos são encorajados a resolver todos os exercícios individualmente e, só posteriormente, realizar discussão em grupo. Quaisquer dificuldades devem ser prontamente discutidas com o professor ou com o monitor nos horários de atendimentos. Dúvidas não sanadas geram mais dúvidas.

Avaliação

A avaliação será baseada nas notas de duas provas e de um trabalho, denotados, respectivamente, por P1, P2 e T.

O enunciado do trabalho será divulgado com, no mínimo, 4 semanas de antecedência em relação a data de entrega do mesmo.

A média do semestre M será calculada pela fórmula:

M = max{(T + 2*P1 + 3*P2)/6, (2*T + 2*P1 + 3*P2)/7}

No caso de alunos de pós-graduação, o conceito final será atribuído da seguinte forma:

  1. A: se M ≥ 8.5
  2. B: se 7.0 ≤ M < 8.5
  3. C: se 5.0 ≤ M < 7.0
  4. D: se M < 5.0

No caso de alunos de alunos de graduação, será aplicada a seguinte regra:

  1. Aprovado: se M ≥ 5.0
  2. Reprovado: se M < 5.0

Observações:

  1. Não haverá provas substitutivas.
  2. Por se tratar de uma disciplina avançada, e de acordo com o Catálogo de Graduação da Unicamp, não haverá exame final.
  3. As provas serão realizados sem consulta.
  4. Qualquer tentativa de fraude nas provas ou no trabalho implicará em média final (M) do semestre igual a ZERO para todos os envolvidos, sem prejuízo de outras sansões.
  5. Não será cobrada presença em sala de aula.

Notas

Consulte as notas aqui.

Trabalho

O trabalho deverá ser realizado em grupos de 2 ou 3 alunos, sendo que cada grupo deve conter pelo menos um aluno de graduação e um aluno de pós-graduação.

Cada grupo deverá indicar por email, enviado para o professor até o dia 01 de novembro de 2012, a lista de alunos que farão parte de cada grupo e o tema do trabalho que será realizado (relacionado a qualquer tópico estudado durante a disciplina),

O trabalho deverá ser apresentado em forma de artigo, formato LNCS, com no máximo 12 páginas. A entrega deverá ser feita por email, até o dia 05 de dezembro de 2012, com o envio da descrição das atividades realizadas por cada membro do grupo e do PDF do artigo em si. Adicionalmente, todos os códigos fontes (tanto do relatório quanto dos programas implementados), além dos casos de testes gerados e usados nas análises, devem ser entregues num arquivo ZIP a parte, com instruções de como executá-los.

Os trabalhos serão avaliados considerando a qualidade do artigo, tanto em termos da escrita, quanto dos resultados apresentados. As notas leverão em conta o número e o nível (graduação ou pós-graduação) dos integrantes dos grupos, assim como será feita uma análise comparativa entre os trabalhos entregues.

Tema: Ordenação de Permutações por Reversões de Sufixo ou Prefixo
134042 - Carla Negri Lintzmayer
992911 - Henrique de Medeiros Kawakami
073702 - Rodrigo Marcondes Quintas dos Santos

Tema: Montagem de Fragmentos Usando o Algoritmo para Grafos Acíclicos de Sobreposições
094756 - Enzo Mercanti
097104 - Vinicius Pilot Moleta
134059 - Jhonatan Ríchard Raphael

Tema: Refinamento do Score Obtido pelo Alinhamento Estrela por Processo Iterativo
094452 - Stallin Estefferson Ferreira da Silva
090830 - Daniel Machado Reis
143050 - Ricardo Rezende Martins Duarte de Aguiar

Tema: Heurística para o Problema do Caminho Hamiltoniano Aplicado a Montagem de Genomas
043251 - Everton Ferreira dos Santos
082446 - Paula Vanessa Medeiros Vieira
086877 - Talita Ferraz Roberti

Tema: Usando Fragmentos de Quimeras em Montagens de Genomas
071294 - Jorge Augusto Hongo
082246 - Mário Mitsuo Akita
046960 - Vitor Morelatti Isayama

Tema: Heurísitca para o Problema da Distância de Reversão Ponderada
095584 - André Rodrigues Oliveira
134081 - Thiago da Silva Arruda

Tema: Distância de Reversão Quase-Simétrica
143390 - Nuno Ricardo da Cruz Garcia
109230 - Filipe de Oliveira Costa

Datas Importantes

Observações:

  1. Visite a página do Calendário oficial da DAC para saber quais as datas de alteração de matrícula, de trancamento de disciplinas e dos períodos sem atividade.
  2. Todas as notas serão divulgadas em até duas semanas após as datas das provas e da entrega do trabalho.