MO640 - Biologia Computacional (MC668 - Bioinformática)

Turma B - Segundo Semestre de 2014

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Avisos Importantes

Docente

Monitora

Dias, Horários e Local das Aulas

Segundas e quartas, das 16h às 18h, na sala 351 do IC-3.5.

Dia, Horário e Local de Atendimento

Observações:

Pré-Requisitos

Ementa

Referências Bibliográficas
An Introduction to Bioinformatics Algorithms.
Neil C. Jones & Pavel A. Pevzner.
The MIT Press (2004).
Introduction to Computational Molecular Biology.
João Carlos Setubal & João Meidanis.
PWS Publishing (1997).
Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach.
Pavel A. Pevzner.
The MIT Press (2000).
Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology.
Dan Gusfield.
Cambridge University Press (1997).
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes.
Michael S. Waterman.
Chapman & Hall/CRC (1995).
Knowledge Discovery in Bioinformatics: Techniques, Methods, and Applications.
Xiaohua Hu & Yi Pan.
Wiley-Interscience (2007).
Introduction to Algorithms (Second Edition).
Thomas Cormen, Charles Leiserson, Ronald Rivest & Clifford Stein.
McGraw-Hill (2003).
Introduction to Algorithms (First Edition).
Thomas Cormen, Charles Leiserson & Ronald Rivest.
MIT Press (1990).
Algoritmos - Teoria e Prática.
Thomas Cormen, Charles Leiserson, Ronald Rivest & Clifford Stein.
Editora Campus (2002).
Introduction to Algorithms: A Creative Approach.
Udi Manber.
Addison Wesley (1989).

Material Didático

Listas de Exercícios

Listas de exercícios serão sugeridas ao longo do semestre. Além de servir para fixação do material apresentado em sala de aula, o conteúdo dos exercícios é considerado parte integrante do material visto e será assumido como parte da matéria coberta. Como as listas não farão parte da avaliação, suas soluções não serão coletadas. Os alunos são encorajados a resolver todos os exercícios individualmente e, só posteriormente, realizar discussão em grupo. Quaisquer dificuldades devem ser discutidas com o professor ou com a monitora nos horários de atendimentos.

Avaliação

A avaliação será baseada nas notas de duas provas e de um trabalho, denotados, respectivamente, por P1, P2 e T.

O enunciado do trabalho será divulgado com, no mínimo, 4 semanas de antecedência em relação a data de entrega do mesmo.

A média do semestre M será calculada pela fórmula:

M = max{(T + 2×P1 + 3×P2)/6, 0,85 × [(2×P1 + 3×P2)/5] + 0,25 × T}

No caso de alunos de pós-graduação, o conceito final será atribuído da seguinte forma:

No caso de alunos de alunos de graduação, será aplicada a seguinte regra:

Observações:

  1. Não haverá provas substitutivas.
  2. Por se tratar de uma disciplina avançada, e de acordo com o Catálogo de Graduação da Unicamp, não haverá exame final.
  3. As provas serão realizados sem consulta.
  4. Qualquer tentativa de fraude nas provas ou no trabalho implicará em média final (M) do semestre igual a ZERO para todos os envolvidos, sem prejuízo de outras sansões.
  5. Não será cobrada presença em sala de aula.

Notas

Consulte as notas aqui.

Trabalho

O trabalho deverá ser realizado em grupos de 2 ou 3 alunos, sendo que cada grupo deve conter pelo menos um aluno regular de pós-graduação (curso 3) e um aluno regular de graduação ou especial de pós-graduação (cursos 34, 42 ou 99).

Cada grupo deverá indicar por email, enviado para o professor e para monitora, até o dia 17 de novembro de 2014, a lista de alunos que farão parte de cada grupo e o tema do trabalho que será realizado (relacionado a qualquer tópico estudado durante a disciplina).

O trabalho deverá ser apresentado em forma de artigo, formato LNCS, com no máximo 12 páginas. A entrega deverá ser feita por email (para o professor e para a monitora), até o dia 17 de dezembro de 2012, com o envio da descrição das atividades realizadas por cada membro do grupo e do PDF do artigo em si. Adicionalmente, todos os códigos fontes (tanto do relatório quanto dos programas implementados), além dos casos de testes gerados e usados nas análises, devem ser entregues num arquivo ZIP a parte, com instruções de como executá-los.

Os trabalhos serão avaliados considerando a qualidade do artigo, tanto em termos da escrita, quanto dos resultados apresentados. As notas leverão em conta o número e o nível (graduação ou pós-graduação) dos integrantes dos grupos, assim como será feita uma análise comparativa entre os trabalhos entregues.

Os horários de atendimento devem ser utilizados para discussão sobre os trabalhos (escolha do tema, discussão de métodos, acompanhamento dos resultados parciais, etc).

Tema: Metaheurísticas para o problema Shortest Common Superstring (SCS) aplicado à Montagem de Fragmentos
153646 - Julio Cesar Mendoza Bobadilla [3]
161247 - Rafael Kendy Arakaki [3]
060639 - Felipe Faria de Souza [99]

Tema: Heurística de colônia de formigas aplicado ao problema Shortest Common Superstring (SCS)
083503 - Felipe Maciel Cardoso [3]
153622 - Fagner Leal Pantoja [3]
103147 - Lucas Gasparetto Farris [42/99]

Tema: Aplicação de algoritmo genético em montagem de fragmentos
153648 - Leandro Moreira Barbosa [3]
003263 - Paulo Roberto Viadanna Júnior [99]
097043 - Lucas Cordeiro Gonçalves de Carvalho [42]
102986 - Laís Vasconcellos Minchillo [42]

Tema: Algoritmo genético para o problema de ordenação por reversões em permutações sem sinal
120548 - Vandalis Giansante [3]
032932 - Frederico Von Zuben [99]
970812 - Henri Rodrigues Zurmely [34]

Tema: Heurísticas para construção de árvores filogenéticas
153612 - Hércules Cardoso da Silva [3]
153649 - Luana Loubet Borges [3]
108268 - Wesley Tetsuya Schabert Takiguti Ide [42]

Datas Importantes

Observações:

  1. Visite a página do Calendário oficial da DAC para saber quais as datas de alteração de matrícula, de desistência de disciplinas e dos períodos sem atividade.
  2. As notas serão divulgadas em até duas semanas após as datas das provas e da entrega do trabalho.