MO640 - Biologia Computacional (MC668 - Bioinformática)

Turma B - Segundo Semestre de 2015

Conteúdo desta página

Avisos Importantes

Docente

Dias, Horários e Local das Aulas

Segundas e quartas, das 14h às 16h, na sala 352 do IC-3.5.

Dia, Horário e Local de Atendimento

Sextas-feiras, das 11h às 12h, na sala 23 do IC-1.

Observações:

Pré-Requisitos

Ementa

Referências Bibliográficas
An Introduction to Bioinformatics Algorithms.
Neil C. Jones & Pavel A. Pevzner.
The MIT Press (2004).
Introduction to Computational Molecular Biology.
João Carlos Setubal & João Meidanis.
PWS Publishing (1997).
Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach.
Pavel A. Pevzner.
The MIT Press (2000).
Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology.
Dan Gusfield.
Cambridge University Press (1997).
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes.
Michael S. Waterman.
Chapman & Hall/CRC (1995).
Knowledge Discovery in Bioinformatics: Techniques, Methods, and Applications.
Xiaohua Hu & Yi Pan.
Wiley-Interscience (2007).
Introduction to Algorithms (Second Edition).
Thomas Cormen, Charles Leiserson, Ronald Rivest & Clifford Stein.
McGraw-Hill (2003).
Introduction to Algorithms (First Edition).
Thomas Cormen, Charles Leiserson & Ronald Rivest.
MIT Press (1990).
Algoritmos - Teoria e Prática.
Thomas Cormen, Charles Leiserson, Ronald Rivest & Clifford Stein.
Editora Campus (2002).
Introduction to Algorithms: A Creative Approach.
Udi Manber.
Addison Wesley (1989).

Material Didático

Listas de Exercícios

Listas de exercícios serão sugeridas ao longo do semestre. Além de servir para fixação do material apresentado em sala de aula, o conteúdo dos exercícios é considerado parte integrante do material visto e será assumido como parte da matéria coberta. Como as listas não farão parte da avaliação, suas soluções não serão coletadas. Os alunos são encorajados a resolver todos os exercícios individualmente e, só posteriormente, realizar discussão em grupo. Dificuldades encontradas nos exercícios podem ser discutidas nos horários de atendimentos.

Avaliação

A avaliação será baseada nas notas de duas provas e de um trabalho, denotados, respectivamente, por P1, P2 e T.

O enunciado do trabalho será divulgado com, no mínimo, um mês de antecedência em relação a data de entrega do mesmo.

A média do semestre M será calculada pela fórmula:

M = (T + 2×P1 + 3×P2)/6

No caso de alunos de pós-graduação, o conceito final será atribuído da seguinte forma:

No caso de alunos de alunos de graduação, será aplicada a seguinte regra:

Observações:

  1. Não haverá provas substitutivas.
  2. Por se tratar de uma disciplina avançada, e de acordo com o Catálogo de Graduação da Unicamp, não haverá exame final.
  3. As provas serão realizados sem consulta.
  4. Qualquer tentativa de fraude nas provas ou no trabalho implicará em média final (M) do semestre igual a 0 (zero) para todos os envolvidos, sem prejuízo de outras sansões.
  5. Não será cobrada presença em sala de aula.

Notas

Consulte as notas aqui.

Trabalho

O trabalho deverá ser realizado em grupos de 2 ou 3 alunos, sendo que cada grupo deve conter no máximo dois alunos regulares, sejam de graduação (cursos 34 ou 42) ou de pós-graduação (cursos 3 ou 53).

Cada grupo deverá indicar por email até o dia 30 de outubro de 2015, a lista de alunos que farão parte de cada grupo e o tema do trabalho que será realizado (relacionado a qualquer tópico estudado durante a disciplina).

O trabalho deverá ser apresentado em forma de artigo, no formato LNCS, com no máximo 12 páginas. A entrega deverá ser feita por email, até o dia 30 de novembro de 2015, com o envio da descrição das atividades realizadas por cada membro do grupo e do PDF do artigo em si. Adicionalmente, todos os códigos fontes (tanto do relatório quanto dos programas implementados), além dos casos de testes gerados e usados nas análises, devem ser entregues num arquivo ZIP a parte, com instruções de como executá-los.

Os trabalhos serão avaliados considerando a qualidade do artigo, tanto em termos da escrita, quanto dos resultados apresentados. As notas levarão em conta o número e o nível (graduação ou pós-graduação) dos integrantes dos grupos, assim como será feita uma análise comparativa entre os trabalhos entregues.

Os horários de atendimento podem ser utilizados para sanar dúvidas sobre o trabalho (escolha do tema, discussão de métodos, acompanhamento dos resultados parciais, etc).

Datas Importantes

Observações:

  1. Visite a página do Calendário oficial da DAC para saber quais as datas de alteração de matrícula, de desistência de disciplinas e dos períodos sem atividade.
  2. As notas serão divulgadas em até duas semanas após as datas das provas e da entrega do trabalho.