10 fev 2025
09:00 Defesa de Doutorado Auditório do IC3
Tema
Segmentação Semântica de Culturas Celulares Esferoides de Câncer
Aluno
Guilherme Vieira Leite
Orientador / Docente
Hélio Pedrini/Coorientadora - Carmen Veríssima Ferreira Halder
Breve resumo
Culturas celulares de esferoides são um modelo útil para o desenvolvimento de medicamentos, mas sua análise consome tempo, tornando a automação essencial para triagens em alta escala. Por isso, propomos um novo conjunto de dados de imagens de esferoides, acompanhado de protocolos e amostras anotadas, além de um método de segmentação para culturas de esferoides de câncer. O conjunto de dados proposto será composto por imagens de campo claro capturadas a cada 24 horas ao longo do ciclo de vida dos esferoides, realizadas no Laboratório de Pesquisa em Oncobiomarcadores da Universidade de Campinas. Nossa técnica de segmentação baseia-se em arquiteturas de redes neurais convolucionais e transformers. Utilizamos a métrica Dice para avaliar nosso modelo de base, conforme é comum na segmentação semântica. Nossos primeiros testes revelaram que a solução manual apresentou desempenho insatisfatório em todos os conjuntos de dados, exceto naquele usado para calibrar seus parâmetros. Também identificamos que os conjuntos de dados disponíveis apresentavam esferoides rotulados incorretamente, imagens ausentes e a falta de protocolos padronizados de treinamento e teste. Esses resultados demonstram que métodos manuais não são suficientemente flexíveis para acomodar diferenças nas condições de captura. Além disso, a área de segmentação de esferoides possui escassez de dados, o que favorece o uso de algoritmos de aprendizado profundo, que têm bom desempenho com menos dados disponíveis.
Banca examinadora
Titulares:
| Hélio Pedrini | IC/UNICAMP |
| Sheila Siqueira Andrade | PlateInnove Biotechnology |
| Edimilson Batista dos Santos | DCOMP/UFSJ |
| Gabriel Cirac Mendes Souza | FEPI |
| José Augusto Saraiva Lustosa Filho | IC/UNICAMP |
Suplentes:
| André Santanché | IC/UNICAMP |
| Moacir Antonelli Ponti | ICMC/USP |
| Ronaldo Cristiano Prati | CMCC/UFABC |