05 jul 2022
10:00 Defesa de Mestrado Integralmente a distância
Tema
Comparação de genomas incompletos usando grafos de de Bruijn sucintos
Aluno
Lucas Pansani Ramos
Orientador / Docente
Orientador: Guilherme Pimentel Telles / Coorientador: Felipe Alves da Louza
Breve resumo
As melhorias contínuas em tecnologias de sequenciamento de DNA
aumentaram a disponibilidade de genomas sequenciados.
No entanto, devido às dificuldades para montar completamente um
genoma, obtendo uma única cadeia para cada cromossomo, muitos
genomas têm montagens incompletas ({\it draft}), em que cada
cromossomo é representado por um conjunto de cadeias com
informação parcial sobre a ordem relativa entre elas.
Abordagens livres de alinhamento foram propostas recentemente
para construir filogenias a partir da comparação de montagens
draft de genomas, extraindo caminhos em grafos de {\it de
Bruijn}~\cite{lyman2017whole, polevikov2019synteny}.
Neste trabalho investigamos métodos eficientes para comparar
genomas incompletos por meio da comparação direta de grafos de
{\it de Bruijn} coloridos representados de maneira sucinta usando
a representação BOSS~\cite{wabi/BoweOSS12}.
Banca examinadora
Titulares:
| Guilherme Pimentel Telles | IC/UNICAMP |
| João Meidanis | IC/UNICAMP |
| Marinella Sciortino | UNIPA |
Suplentes:
| Lehilton Lelis Chaves Pedrosa | IC/UNICAMP |
| Nalvo Franco de Almeida Junior | FACOM/UFMS |