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05 Jul
10:00 Defesa de Mestrado Integralmente a distância
Tema
Comparação de genomas incompletos usando grafos de de Bruijn sucintos
Aluno
Lucas Pansani Ramos
Orientador / Docente
Orientador: Guilherme Pimentel Telles / Coorientador: Felipe Alves da Louza
Breve resumo
As melhorias contínuas em tecnologias de sequenciamento de DNA aumentaram a disponibilidade de genomas sequenciados. No entanto, devido às dificuldades para montar completamente um genoma, obtendo uma única cadeia para cada cromossomo, muitos genomas têm montagens incompletas ({\it draft}), em que cada cromossomo é representado por um conjunto de cadeias com informação parcial sobre a ordem relativa entre elas. Abordagens livres de alinhamento foram propostas recentemente para construir filogenias a partir da comparação de montagens draft de genomas, extraindo caminhos em grafos de {\it de Bruijn}~\cite{lyman2017whole, polevikov2019synteny}. Neste trabalho investigamos métodos eficientes para comparar genomas incompletos por meio da comparação direta de grafos de {\it de Bruijn} coloridos representados de maneira sucinta usando a representação BOSS~\cite{wabi/BoweOSS12}.
Banca examinadora
Titulares:
Guilherme Pimentel Telles IC/UNICAMP
João Meidanis IC/UNICAMP
Marinella Sciortino UNIPA
Suplentes:
Lehilton Lelis Chaves Pedrosa IC/UNICAMP
Nalvo Franco de Almeida Junior FACOM/UFMS