12 mar 2021
14:00 Defesa de Mestrado Integralmente a distância
Tema
Heurísticas para Problemas de Rearranjo de Genomas com Genes Multiplicados
Aluno
Gabriel Henriques Siqueira
Orientador / Docente
Zanoni Dias - orientador / Andre Rodrigues Oliveira - coorientador
Breve resumo
Problemas de rearranjo de genomas buscam estimar a distância evolutiva entre genomas de diferentes espécies. Esses problemas lidam com eventos de rearranjo, que são mutações capazes de alterar a sequência genética dos genomas. Diferentes problemas de rearranjo podem ser definidos de acordo com os eventos utilizados e as características dos genomas considerados.
Temos como objetivo o desenvolvimento de heurísticas para problemas de rearranjo de genomas considerando genes multiplicados. A maioria dos trabalhos nessa área ignora a presença de múltiplas cópias de um gene, por esse ser um fator que complica a derivação de algoritmos eficientes que garantam uma solução de boa qualidade. Dentro desse contexto, utilizamos como foco de estudo os eventos de reversão e transposição, onde o primeiro se caracteriza por inverter a ordem de uma sequência de genes, e o segundo por trocar a posição de duas sequências adjacentes de genes.
Os trabalhos iniciais sobre rearranjos de genomas assumiam que cada gene possui apenas uma cópia e representavam os genomas como permutações. Os trabalhos mais recentes consideram a repetição de genes como um fator relevante e representam genomas como strings. Nesta dissertação adotamos a representação por strings. Como são conhecidos alguns resultados para problemas de rearranjos de genomas com características semelhantes às que propomos, utilizamos esses resultados para avaliar a qualidade das heurísticas desenvolvidas.
Banca examinadora
Titulares:
| Zanoni Dias | IC/UNICAMP |
| Kelly Cristina Poldi | IMECC/UNICAMP |
| Rafael Crivellari Saliba Schouery | IC/UNICAMP |
Suplentes:
| Orlando Lee | IC/UNICAMP |
| Luis Augusto Angelotti Meira | FT/UNICAMP |