Departamento de Sistemas de Computação (DSC)
| Chefe | Período |
| Edmundo Roberto Mauro Madeira | 22/08/1996 – 21/08/2000 |
| Paulo César Centoducatte | 22/08/2000 – 21/08/2004 |
| Guido Costa Souza de Araújo | 22/08/2004 – 21/08/2008 |
| Nelson Luís Saldanha da Fonseca | 22/08/2008 – 21/08/2012 |
| Mário Lúcio Côrtes | 22/08/2012 – 21/08/2016 |
| Edson Borin | 22/08/2016 – 21/08/2018 |
Departamento de Sistemas de Informação (DSI)
| Chefe | Período |
| Cláudia Maria Bauzer Medeiros | 22/08/1996 – 21/08/1998 |
| Luiz Eduardo Buzato | 22/08/1998 – 21/08/2000 |
| Eliane Martins | 22/08/2000 – 21/08/2002 |
| Cláudia Maria Bauzer Medeiros | 22/08/2002 – 21/08/2004 |
| Ariadne Maria Brito Rizzoni Carvalho | 22/08/2004 – 21/08/2008 |
| Jacques Wainer | 22/08/2008 – 21/08/2012 |
| Eliane Martins | 22/08/2012 – 21/08/2014 |
| Anderson de Rezende Rocha | 22/08/2014 – 21/08/2016 |
| Cecília Mary Fischer Rubira | 22/08/2016 – 21/08/2018 |
Departamento de Teoria da Computação (DTC)
| Chefe | Período |
| João Carlos Setubal | 22/08/1996 – 21/08/1998 |
| Cid Carvalho de Souza | 22/08/1998 – 21/08/2000 |
| Jorge Stolfi | 22/08/2000 – 21/08/2002 |
| Ricardo Dahab | 22/08/2002 – 21/08/2004 |
| Cid Carvalho de Souza | 22/08/2004 – 21/08/2006 |
| Ricardo Dahab | 22/08/2006 – 21/08/2008 |
| Orlando Lee | 22/08/2008 – 21/08/2009 |
| Zanoni Dias | 22/08/2009 – 21/08/2010 |
| Ricardo Dahab | 22/08/2010 – 15/06/2011 |
| Guilherme Pimentel Telles | 16/06/2011 – 21/08/2011 |
| Zanoni Dias | 22/08/2011 – 21/08/2014 |
| Orlando Lee | 22/08/2014 – 21/08/2018 |